Als erstes sollte man das Gebäck immer gut auskühlen lassen, bevor man es verpackt. Ansonsten können sie Guetzli pampig werden.
Stark gewürzte Guetzlisorten sollte man möglichst nach Sorten getrennt aufbewahren, sonst kommt es zu einer Geschmacksübertragung. Um ein Zusammenkleben zu vermeiden, trennt man Gebäck mit Glasur lagenweise mit Backpapier ab. Am besten lagert man die Guetzli in gut verschliessbaren Dosen kühl und trocken.
Mürbeteig- und Buttergebäck lassen sich auch problemlos einfrieren, was in diesem Fall sogar besser ist als zu langes Lagern. Wichtig dabei ist jedoch, dass man allfällige Glasuren erst nach dem Auftauen anbringt, weil diese beim Einfrieren sonst feucht und klebrig werden. Nicht geeignet zum Einfrieren ist Eiweissgebäck wie Makrönli oder Meringues, weil es beim Auftauen weich und klebrig wird.
